Hrvati ne kažu "velike božice" nego takođe "boginje" (male boginje su "ospice", ovčje su "vodene kozice" - što je po sebi takođe čudan termin), tako da situacija nije baš jasna: 1. možda je termin prešao s ove strane na njihovu, 2. možda zaista nema veze s korenom "bog", mada bi to bilo prilično van pameti.
Peđa bi možda mogao biti na nekom tragu. Ukoliko se ne varam, velike boginje jesu jedna od biblijskih pošasti, zar ne?
A moguće je (spekulišem) da nam je to zaostavština iz Grčke posredstvom Vizantije - sasvim bi ličilo na Grke da tako tešku bolest pripišu dejstvu razularenih besnih žena na Olimpu

EDIT: Na grčkom se velike boginje zovu βλογιά - lako je moguće da je "boginja" zapravo iskvarena grčka reč.