Iskreno, ne pravim razliku... To bi moglo da se uporedi sa "sreĆno" i "sreTno"; "korišĆen" i "korišTen"... Ja uvek koristim ovu verziju s "ć", mada je to stvar izbora, govornog područja...
Ali razlika postoji:
"Čistoća" u doslovnom značenju, "čistota" u svim figurativnim: čistoća kuće, tela, kose, odeće, posteljine, tepiha, legure, zlata, srebra itd.; čistota duše, pobuda, duha, misli, stila, jezika, pogleda, logičkog mišljenja itd. - pri čemu se može reći i "telesna čistota" ako se misli na čednost (i to ponajčešće na monaški celibat).